Против северо-западного угла соборного храма, находится теплый монастырский храм во имя Богоявления Господня, построенный по благословению и плану патриарха Никона в 1657-1658 г. При этом храме придел в честь преподобного Нила Столобенского.
Собор Богоявления Господня Валдайского Иверского монастыря
В алтаре храма Богоявления Господня находится икона преподобного Нила Столобенского, длиною 8 и шириною 7 вершков, в серебряной ризе. В этой иконе вложена часть мощей преподобного Нила.
Перед местными иконами: Спасителя, Божией Матери и Богоявления Господня три серебряных лампады для возжжения свечей весом: 1) 9 фунтов 30 золотников; 2) 7 фунтов 27 золотников и 3) 9 фунтов 27 золотников.
Церковь Сошествия Св. Духа на Апостолов. Церковь эта находится над церковью Богоявления Господня. Построена в 1747 году. В иконостасе этой церкви замечательны царские двери с сенью и столбцами, обитая серебряно вызолоченною басмою. Двери эти, в 1653 году, были присланы патриархом Никоном для первой деревянной монастырской, церкви в честь иконы Иверской Божией Матери и составляют замечательный памятник древнего русского самобытного художества ХVII века. Храмы эти находятся в одной связи с братскою трапезою и кельями.